Objectifs

initiation literate programming
bonnes pratiques en matière de reproductibilité et documentation de méthodes
ressource de références pour approfondir l’apprentissage

Literate programming

Paradigme de programmation : associer un ensemble de code source (pour les ordinateurs) et de la documentation (pour les humains)

Explication de la pensée : Expliquer à d’autres humains ce que l’ont veut que l’ordinateur fasse. (Knuth 1970)
gain en qualité
transmission et partage de la connaissance

Premier environnement WEB (Pascal + LaTex, Knuth 1984)

Document markdown

3 parties

métadonnées dans un bloc YAML
du texte en mardown
blocs de code structuré en R ou autre

Formats de sorties nombreux

Créer un projet Rmardown avec Rstudio

le mode Projet facilite le travail discontinu (chemins relatifs), la portabilité et la reproductibilité

Préparer son espace de travail (fichier R project à la racine, dossier pour les données, dossier pour les figures)

Modèles de fichier Rmarkdown paramétrables dans les métadonnées du document

Bouton Knit (tricoter) pour générer le fichier sortie (HTML, pdf, etc…)

Mise en pratique

Données

Bonnes pratiques

limiter les dépendances, surtout pour une seule ligne de code
coder et commenter en anglais pour pouvoir diffuser